انقلاب اسلامی باید بتواند الگوی نوین خود را در عرصه نظام‌سازی و جامعه‌پردازی برای نظام و جامعه علمی هم بروز دهد وگرنه سایر نظامات اجتماعی هم بدون تغذیه فکری و در نهایت ناقص خواهند ماند. نظام سازی علمی را می‌توان مساوق با نظام راهبری پژوهش هم در نظر گرفت. وقتی لفظ «راهبری پژوهش» یا «حکمرانی پژوهش» به گوش بسیاری از دانشگاهی‌ها می‌خورد، گمان می‌کنند که مراد از آن تعیین برخی اولویت‌های پژوهشی یا ابلاغ برخی موضوعات و مسائل  به دانشگاه‌ها و پژوهشگاه‌ها و … است، ولی در ادبیات دنیا  و همچنین مراد ما آن نیست. راهبری پژوهش در حقیقت به دنبال ایجاد بستر، محیط و فضایی برای پژوهش و پژوهشگری است و به‌طور مستقیم کاری با محتوای پژوهش ندارد چراکه محتوای پژوهش صرفاً توسط شخص پژوهشگر و در پرتو تصمیم‌های او ساخته‌وپرداخته می‌شود. شاید بتوان گفت که مهم‌ترین کار ویژه در راهبری پژوهش ایجاد فضای تنفس علمی است و رهبر فرزانه انقلاب در این زمینه می‌فرمایند:

«حمایت از نخبه، در درجه‌ی اول باید به معنای ایجاد فرصت پژوهش و تحصیل و پیشرفت باشد. البته من به‌هیچ‌وجه مخالف حمایت‌های مالی و مادی و این‌ها نیستم، بلکه لازم است آن کارها انجام بگیرد؛ لیکن مهم‌تر از آن این است که نخبه احساس کند فضای تنفس علمی دارد. آن چیزی که مکرر به ما منتقل می‌شود، این است که نخبگان و برجستگان مایل‌اند یک میدان وسیعی باشد که بتوانند به اقتضای نخبگی و استعداد برتر، در آن بتازند، این را باید فراهم کرد. البته این، راه‌های گوناگونی دارد. تشخیص راه‌ها، ارائه‌ی راه‌ها و پیشنهادها کار ما نیست، کارِ کارشناس‌های ذی‌ربط است.» (در دیدار شرکت‌کنندگان در ششمین همایش ملی نخبگان جوان در تاریخ 1391/07/12).

رشد واقعی و طبیعی علم بدون توجه به ایجاد فضای تنفس علمی امکان‌پذیر نیست. ایجاد فضای تنفس علمی یا ایجاد میدانی برای تاختن نخبگان در آن یا ایجاد زمینی حاصل خیز برای رویش جوانه‌های پژوهشی خط‌شکن نیز آداب و ترتیب منحصربه‌فردی دارد. اگر این آداب و ترتیب موردتوجه قرار نگیرد و ترتیبات اداری و بوروکراتیک مرسوم در فضای علمی و پژوهشی حاکم بشود، دیگر نباید انتظار پژوهش و یافتن راه‌حل‌های بدیع و بومی برای مسائل داشت. آنگاه ممکن است این سؤال در ذهن ایجاد شود که «پس مسائل جامعه چگونه حل خواهند شد؟» پاسخ آن را می‌توان با کمی دقت در وضعیت بی ایدگی بسیاری از دانشگاه‌ها، ورود ترجمه‌ها و تجویزهای بیگانه از ارزش‌های انقلاب، کم‌توجهی به بنیه‌های فکری اسلامی، پژوهش‌های پانتومیمی و جزیره‌ای و غالباً رفع تکلیفی، پیروی همه‌جانبه دانشگاه‌ها و حتی حوزه‌های علمیه از نظام‌های راهبری پژوهش وارداتی، غارت و تهاجم فکری و فرهنگی توسط دشمن و … دریافت کرد.

آداب و ترتیب ایجاد فضای تنفس علمی گاهی خود را در کسوت فلسفه علم، جامعه‌شناسی علم و معرفت علمی و صحبت از ایده و تاریخ دانشگاه و … نشان می‌دهند و گاهی هم در مقام رویه و سازوکارهای روبنایی مثل نظام اداری پژوهش، نظام حکمرانی دانشگاهی، روال‌های تأمین و تخصیص مالی پژوهش، سامانه‌های مدیریت داده پژوهشی، الگوهای ارزشیابی پژوهشگران و … بروز می‌کنند. این دو دسته، در ویژه‌نامه حاضر نیز در دو بخش «سپهر ایده» و «رویه و سازوکار» تجلی پیدا کرده است. البته پژوهشگران حلقه حکمرانی علوم اجتماعی، برای کسب فهم بهتر و عمیق‌تر از آداب و ترتیب راهبری پژوهش و البته سنجیدن عیار آموخته‌ها، ارتباط وثیقی هم با واقعیت این امر در دانشگاه امام صادق علیه‌السلام گرفته‌اند که بخشی از نتایج آن در قسمت نهایی این ویژه‌نامه، ذیل عنوان «میدان واقعیت» ارائه شده است.

بخش «سپهر ایده» در ویژه‌نامه حاضر، سه نگاشت تخصصی با رویکردهای عمدتاً تاریخی و بنیادی‌تر را در خود جای داده است. دو نگاشت ابتدایی از این بخش، مسائل امروزین نظام پژوهش دانشگاهی را نقطه عزیمت خود قرار داده‌اند و برای فهم چیستی دانشگاه و امر پژوهش، گذری بر تاریخ آموزش عالی جهان کرده‌اند. ایده شکل‌گیری اولین دانشگاه پژوهشی یا همان دانشگاه هومبولتی، محور این دو نگاشت قرار گرفته و از خلال آن، طرح‌ها یا حداقل سؤال‌هایی برای بهبود وضعیت کنونی ارائه شده‌اند. این دانشگاه با ابتکار ویلهلم فون هومبولت و با عنوان اولیه دانشگاه برلین در سال 1809 میلادی تأسیس شده و در سال 1810 میلادی با 256 دانشجو و 52 استاد کار خود را شروع کرده است و پس از دویست و اندی سال همچنان پابرجا و الگوی بسیاری از دانشگاه‌های نوظهور آمریکایی و اروپایی است. در ادامه نیز نگاشت سوم از کانال جامعه‌شناسی معرفت علمی به موضوع راهبری علم پرداخته است. یکی از الزامات اصلی فهم  و به‌کارگیری ابزارهای راهبری علم و پژوهش، فهم ماهیت علم و معرفت علمی است و فهم ماهیت آن، رهنمون نوع و جنس راهبری آن خواهد بود.

در بخش «رویه و سازوکار» نیز شاهد شش نگاشت تخصصی با رویکردهای عمدتاً راهبردی و کاربردی‌تر هستیم. در آغاز این بخش ضمن توصیف الگوی کلان حکمرانی پژوهش در علوم انسانی ایران، تعدادی از مسائل اصلی نظام پژوهشی علوم انسانی طرح شده است. یکی از این مسائل، ضعف در طراحی نظامات دانشی و داده‌ای در ایران است. لذا در ادامه یک نگاشت تخصصی در زمینه مدیریت داده‌های پژوهشی، تلاش کرده است که مسئله سامانه‌های دانش علمی را صورت‌بندی کرده و یک تجربه موفق دنیا در این زمینه را ارائه کند. نگاشت بعدی درباره ماهیت و چگونگی ارزشیابی پژوهش است. در این نگاشت، روی یکی از آسیب‌های مزمن در ارزشیابی پژوهش تأکید شده و با بیان برداشت‌های نادرست از ارزشیابی خبره گرا در جامعه علمی، مسیرهای برون‌رفت از وضعیت نامطلوب فعلی ارائه شده است. در ادامه دو نگاشت در خصوص شیوه نظام سازی در بناهای پژوهشی هستند. ابتدا به معنای بنای پژوهشی پرداخته شده است و سپس با طرح ضرورت‌های کارکردی پژوهش و نظام‌های پژوهشی، نوعی از نظم تحت عنوان نظم جوششی پیشنهاد شده است. در جهت تکمیل این رویکرد، مفهوم «اداره پژوهش» و نقش آن در ساخت و تقویت بنیان‌های پژوهش نیز تبیین شده است. در نگاشت نهایی نیز چهار اصل مهم در ساخت نظامات پژوهشی احصاء شده است.

بخش نهایی این ویژه‌نامه با عنوان «میدان واقعیت»، به طور کامل روی دانشگاه امام صادق علیه‌السلام و شرایط تقویت پژوهش در آن متمرکز است. همه پنج نگاشتی که در این بخش قرار دارند برگرفته از ایده‌های برخی متصدیان سابق و کنونی امر پژوهش در دانشگاه هستند. این پنج نگاشت به موضوعاتی از قبیل طراحی اکوسیستم پژوهشی در دانشگاه، پیشنهادهایی برای تحقق مرجعیت علمی دانشگاه، شرایط تربیت نیروی زبده پژوهشی و رویکرد مطلوب ساخت پژوهشگاه در دانشگاه پرداخته‌اند.

به امید خدا این ویژه‌نامه مسیری در جهت تفکر انعکاسی و رفت و برگشتی بین نظر و عمل باشد. آداب و ترتیب راهبری پژوهش مقوله‌هایی نیستند که بتوان صرفاً به صورت نظری آن‌ها را فراگرفت، بلکه این آداب دارای پیچیدگی‌های فراوانی هستند و بدون حضور در میدان واقعیت و لمس نزدیک آن‌ها، تجویز مؤثر امکان‌پذیر نیست. اما با حضور در میدان واقعیت می‌توان علاوه بر سهم‌یاری‌های نظری عمیق و دقیق، اصلاح و تغییرهای مطلوبی را در عرصه عمل نیز رقم زد.